Về công nghiệp, thành phố có 2 cụm công nghiệp bắc Thanh Châu và Châu Sơn. Nền sản xuất nông nghiệp ở Phủ Lý theo hướng nông nghiệp sạch, nông nghiệp sinh thái có hiệu quả cao và bảo vệ môi trường. Phát triển kinh tế trang trại và các mô hình sản xuất VAC, nhất là trong chăn nuôi, coi đây là khâu đột phá để thúc đẩy sản xuất nông nghiệp hàng hóa.
Về thương mại - dịch vụ - du lịch, Phủ Lý có lợi thế là đầu mối giao thông, gần thủ đô Hà Nội và vùng kinh tế trọng điểm Bắc Bộ, đủ điều kiện để phát triển tổng hợp ngành kinh tế dịch vụ theo hướng đa dạng hóa các loại hình dịch vụ phục vụ sản xuất và đời sống, đưa ngành dịch vụ thành ngành kinh tế quan trọng của Phủ Lý.
Cho tới năm 2010, thành phố có nhiều dự án làm thay đổi đáng kể bộ mặt thành phố, trong đó có dự án khu thương mại dịch vụ một bên là bờ sông Đáy một bên là Quốc lộ 1A. Khu thương mai dịch vụ này với nhiều tòa nhà cao tầng hiện đại (cao nhất là dự án chung cư và văn phòng cho thuê 25 tầng). Khu thương mại này là một điểm nhấn về tính hội nhập và hiện đại của thành phố.
