Trường THCS Lê Hồng Phong được thành lập vào ngày 03/10/2002, theo quyết định số 1060/QĐ-UB của Chủ tịch UBND tỉnh Hà Nam với 15 lớp, hơn 400 học sinh và hơn 20 cán bộ giáo viên. Qua 20 năm xây dựng và trưởng thành, Trường THCS Lê Hồng Phong đã vượt qua nhiều khó khăn, thách thức, đạt nhiều kết quả rất đáng khích lệ, khẳng được vị thế của mình trong ngành giáo dục thành phố Phủ Lý. Từ quy mô ban đầu chỉ có 15 lớp đến nay đã tăng lên 26 lớp với gần 1200 học sinh và có xu hướng ngày càng phát triển, chất lượng giáo dục không ngừng được nâng lên. Cơ sở vật chất, trang thiết bị đảm bảo đáp ứng được nhu cầu dạy và học trong thời đại mới. Nhà trường đạt chuẩn Quốc gia mức độ I và Kiểm định chất lượng giáo dục mức độ III, thư viện trường học đạt thư viện xuất sắc, là đơn vị văn hóa trong thời kỳ đổi mới. Chất lượng đội ngũ giáo viên không ngừng được nâng lên, tỷ lệ giáo viên, nhân viên đạt trình độ trên chuẩn là 97,72%.
Trong năm học 2021-2022 chất lượng bồi dưỡng HSG văn hóa của nhà trường đã đạt được nhiều kết quả cao, nhà trường xếp thứ 3/19 trường THCS trong toàn TP. Trong các kỳ thi tuyển sinh vào lớp 10 THPT, nhiều học sinh của trường có điểm đỗ cao vào Trường THPT chuyên Biên Hòa và các trường THPT công lập trên địa bàn.
Với những nỗ lực đó, Trường THCS Lê Hồng Phong đã được trao tặng nhiều danh hiệu thi đua và hình thức khen thưởng của các cấp. Năm học 2018-2019, nhà trường được công nhận trường đạt chuẩn quốc gia; năm học 2020-2021 được công nhận là đơn vị Văn hóa cấp thành phố và nhiều năm liền đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc, Tập thể lao động tiên tiến. Các cá nhân cán bộ, giáo viên hăng hái thi đua, tích cực tham gia các phong trào tạo nên một tập thể mạnh về chất lượng, có tinh thần đoàn kết cao, thực hiện tốt mọi nhiệm vụ được giao.
Nhấn mạnh về những kết quả đã đạt được của nhà trường trong 20 năm xây dựng và phát triển cô Hoàng Thị Hiếu - Bí thư Chi bộ - Hiệu trưởng nhà trường đã nhấn mạnh: Phát huy truyền thống quê hương anh hùng và hiếu học, truyền thống nhà trường 20 năm xây dựng và phát triển, Trường THCS Lê Hồng Phong luôn vững bước đi lên. Không ngừng đổi mới theo hướng chuẩn hoá, hiện đại hoá, tiếp tục giữ vững danh hiệu Tập thể lao động tiên tiến và tập thể lao động xuất sắc, khẳng định vị thế luôn đứng tốp đầu thành phố, đáp ứng được yêu cầu đổi mới giáo dục, nâng cao dân trí, đào tạo nhân lực, bồi dưỡng nhân tài, góp phần phục vụ sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước, xứng đáng với lòng tin, sự mong đợi của các cấp ủy Đảng, chính quyền, đoàn thể, nhân dân, các thế hệ thầy cô giáo và học sinh nhà trường.
Về dự và chúc mừng nhà trường đồng chí Nguyễn Thị Phúc Thảo - Phó Bí thư Thường trực Thành ủy đã gửi lời chúc mừng tốt đẹp nhất tới cán bộ, giáo viên Trường THCS Lê Hồng Phong nhân kỷ niệm ngày Nhà giáo Việt Nam, đồng thời biểu dương, ghi nhận những thành tích mà thầy và trò nhà trường đã đạt được trong 20 năm qua.
Nhân dịp này, trường THCS Lê Hồng Phong đã vinh danh 5 thầy cô giáo đã có thành tích xuất sắc đạt danh hiệu CSTĐ cấp cơ sở, 14 thầy cô được giám đốc Sở GD&ĐT, Chủ tịch UBND thành phố tặng giấy khen trong năm học 2021- 2022.